Половые органы представлены у самцов семенниками, у самок - яичниками (рис. 17). Наиболее просто половые органы устроены у круглоротых (миног, миксин). Половая железа у них непарная, расположена над кишечником. Яичник и семенник не имеют выводных протоков и развившиеся половые продукты падают в полость тела и выводятся наружу через так называемые половые поры.
Рис. 17. Мужские и женские половые органы ската (по Паркеру из В. К. Солдатова): Слева: 1 - семенник, эпидермис и часть семяпровода правой стороны удалены и правый семенной пузырь вскрыт; 2 - абдоминальные поры; 3 - клоака; 4 - эпидидимис; 5 - почка; 6 - пищевод; 7 - рудимент мюллерова канала; 8 - семенной мешок; 9 - мочеполовой синус и мочеполовой сосочек; 10 - мочеточник; 11 - семяпровод: 12 - семенной пузырь; справа: женские половые органы того же ската (левый яичник и часть правого яйцевода удалены, клоака и левая половина мочевого пузыря вскрыты); 13 - яйцеводы; 14 - общее для обоих яйцеводов отверстие; 15 - вольфов канал; 16 - скорлуповая железа; 17 - яичник; 18 - маточный отдел яйцевода; 19 - его отверстие в клоаку; 20 - мочевой синус и мочевой сосочек
У хрящевых рыб (акул, скатов), которые рождают живых детенышей или откладывают оплодотворенные яйца, строение Толовых органов довольно сложное. Половые органы - семенники и яичники - у них парные. У хрящевых рыб половые продукты выделяются наружу по каналам, образовавшимся из протока первичной почки, разделенного на две части: мюллеров и вольфов каналы. У самок яичник в виде парных желез подвешен на брыжжейках в полости тела по бокам от кишечника. Зрелые яйца из полости тела попадают в мюллеров канал, выполняющий роль яйцеводов и начинающийся открытой воронкой. В яйцеводе яйца покрываются роговой оболочкой. Задний отдел яйцевода расширен и носит название матки, в которой некоторое время вынашиваются оплодотворенные яйца и мальки. Из матки оплодотворенные яйца в скорлупе или уже вылупившиеся рыбки выделяются наружу. У самцов хрящевых рыб половая железа срастается с передним отделом почек. Сперматозоиды выводятся наружу через мочеточники.
У большей части костистых рыб оплодотворение наружное. Икра оплодотворяется в воде (хотя среди высших рыб имеются и живородящие, например морской окунь). Яичники и семенники у высших рыб парные, а обособленного выводного протока у них нет. Половые железы соединяются вместе, превращаясь у самок в яйцевод, и открываются наружу половым отверстием в особом сосочке. У самцов семенник переходит в семяпровод и открывается в мочеполовой синус, выходящий наружу мочеполовым отверстием.